Medical Data Science
| Dozent: | Prof. Dr. Harald Binder |
| Beginn: | Mittwoch, 17.04.2024 |
| Ende: | Mittwoch, 17.07.2024 |
| Uhrzeit: | 10:15 - 11.45 Uhr |
| Ort: | Hörsaal IMBI, Stefan-Meier-Strasse 26, 1. OG |
| VLVZ: | 07LE23S-Sem-8-Bi |
| Vorbesprechung: | Mittwoch, 07.02.2024 |
Inhalt:
Zur Beantwortung komplexer biomedizinischer Fragestellungen aus großen Datenmengen ist oft ein breites Spektrum an Analysewerkzeugen notwendig, z.B. Deep Learning- oder allgemeiner Machine Learning-Techniken, was häufig unter dem Begriff "Medical Data Science" zusammengefasst wird. Statistische Ansätze spielen eine wesentliche Rolle als Basis dafür. Eine Auswahl von Ansätzen soll in den Seminarvorträgen vorgestellt werden, die sich an kürzlich erschienenen Originalarbeiten orientieren. Die genaue thematische Ausrichtung wird noch festgelegt. Zu Beginn des Seminars werden ein oder zwei Übersichtsvorträge stehen, die als vertiefende Einführung in die Thematik dienen.
| Termin | Vortragende(r) | Thema / Artikel |
| 17.04.2024 | Manolo Blaufuß | Yang et al. (2023). scTenifoldXct: A semi-supervised method for predicting cell-cell interactions and mapping cellular communication graphs |
| 24.04.2024 | Nicole Anton George | Subedi, Sishir, and Yongjin P. Park. (2023). Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model. |
| 15.05.2024 | Jakob Kailer | Li, Runze, and Xuerui Yang. (2022). De novo reconstruction of cell interaction landscapes from single-cell spatial transcriptome data with DeepLinc. |
| 29.05.2024 | Nicolas Weber | Bafna, Mihir, Hechen Li, and Xiuwei Zhang. (2023). CLARIFY: cell–cell interaction and gene regulatory network refinement from spatially resolved transcriptomics. |
| 05.06.2024 | Martin Segeroth | Yang, Wenyi, et al. (2023). DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell–cell interactions from single-cell RNA sequencing data. |
| 19.06.2024 | Maria Lai | Fischer, David S., Anna C. Schaar, and Fabian J. Theis. (2023). Modeling intercellular communication in tissues using spatial graphs of cells. |
| 26.06.2024 | Caspar Kornfeld | Feng, Jiarui, et al. (2024). PathFinder: a novel graph transformer model to infer multi-cell intra-and inter-cellular signaling pathways and communications. |
| 10.07.2024 | Pauline Rudolph | Ma, Anjun, et al. (2023) Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer. |
Vorherige Anmeldung per E-Mail (bemb.imbi.sek@list.uniklinik-freiburg.de) ist erwünscht.
Kontakt
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